Práctica -ADN bioinformática.

OBJETIVO:

Explorar la herramienta BLAST bioinformatics.

MATERIALES:

• Una computadora con acceso a Internet.
• White Light Box (caja de luz blanca)
• Radiografías

PRÁCTICA:

Ejercicio 1:

Primero comenzamos en la flecha y leemos hacia arriba el gel durante 20 nucleótidos. Escribimos la

secuencia de ADN. Buscar la secuencia en la base de datos del NCBI utilizando el

programa BLASTN.

Y después comenzamos en la flecha y leemos hacia arriba el gel durante 30 nucleótidos. Escribir la

secuencia de ADN. Buscar la secuencia en la base de datos del NCBI utilizando el

programa BLASTN.

Así lo que observamos es como aumenta el porcentaje de coincidencia de la secuencia con el resultado

a. ¿Los resultados obtenidos con BLASTN para la primera y la segunda

búsqueda se parecen entre sí?

Las secuencias deberían ser casi idénticas para la primera y segunda búsqueda, pero los valores asociados a cada hit son más altos para la segunda búsqueda.

b. ¿Cuál es el nombre de este gen?

Factor de replicación C.

c. ¿A qué organismo es probable que pertenezca la secuencia de ADN de este

ejercicio?

Mus musculus (ratón doméstico).

Ejercicio 2

Leemos el análisis de la secuencia de ADN de la autorradiografía correspondiente a la muestra

#2. 

Comenzamos el ejercicio mediante la lectura de la secuencia de ADN de la muestra #2,

aproximadamente 6 cm desde la parte inferior de la tira. Los primeros 12 nucleótidos

son: 5'...GGACGACGGTAT...3'.

Buscamos la secuencia en la base de datos del NCBI utilizando el programa BLASTN.

Y después de obtener los resultados del programa BLASTN, desplácese hacia abajo a

la sección de Alineamiento y mirar las entradas que tienen nucleótidos que coinciden

con su secuencia de consulta.

a. ¿Cuál es el nombre de este gen?

UEV y dominios del lactato/malato deshidrogenasa.

b. ¿Cuál es la cadena simple que representa la secuencia de consulta? ¿Cuál es

la cadena simple que representa la secuencia “hit”?

La secuencia simple es la introducida y la secuencia hit es la inversa complementaria.

Ejercicio 3

Leemos la secuencia de ADN de la muestra #3. Comenzar desde la parte inferior de la

banda y escribimos la secuencia de ADN.

Buscamos la secuencia en la base de datos del NCBI utilizando el programa BLASTN.

a. ¿Cuál es el nombre de este gen?
Rho GTPasa activadora de la proteína 5.

b. ¿Cuántas pares de bases, aproximadamente, tiene este gen?
7933 pb.